Если кратко, то мы говорим поисковику:

nofollow - ссылка есть, но ты по ней не ходи.

noindex - тут ничего нет.

Теперь чуть подробнее:

nofollow работает только для ссылок. Это атрибут ссылки. Полностью конструкция с его использованием выглядит так:

rel="nofollow"

А вместе со ссылкой так:

<a href="адрес" rel="nofollow"&rt;якорь ссылки</a&rt;

Значение nofollow запрещает поисковой системе переходить по конкретной ссылке.

А ещё если прописать в meta-тег:

<meta name="robots" content="nofollow"&rt;

То робот не будет переходить по всем ссылкам на странице.

noindex - это тег, полностью он выглядит так:

<noindex> </noindex>

или

<!--noindex--> <!--/noindex-->

если вам нужен валидный код.

Это тег запрещает поисковику индексировать целый блок контента. Неважно, что находится в этом блоке - ссылки, текст, картинка. Например, в noindex можно закрыть повторяющийся блок или все комментарии на странице, если они бессмысленные и их индексация не принесёт пользы.